ヤンキー・スタジアムの所在地はブロンクスです

まあ、ブロンクスだから、ただちに泊まるのはいけないということもないですが、何日間のご予定かはわかりませんが、そこらへんから他の観光スポットなどに毎日出かけては戻ってくるというのは、あまりお勧めできません。
やはり観光スポットの多い、あるいは便利なマンハッタンのミッドタウンあたりに宿泊すれば、多少夜が遅くなっても、細心の注意をもってすれば、危険度は低くなりますし、歩いて帰れるのと、地下鉄やタクシーに乗らなければならないのとでは、行動の自由度が違ってきます。

地下鉄の混雑度は、試合直後はどれも大混雑です。
たぶん試合の日はどちらもそれほど違わないくらいの本数で走っていると思います。
ただし、そこからさらに他の路線に乗り換えようとすると、そちらは深夜並みの本数で一気に乗客も少なくなってしまうかもしれません。
先に書きましたように家族連れなどの乗客を見つけて、そのそばにいることをお勧めします。

エコノミーな宿にするか、高いホテルにするか、旅行スタイルやご予算はあるとは思いますが、夜遅く地下鉄に乗るような場合は、在住・長期滞在経験のない場合、それなりのコストをかけて安心な場所のホテルにした方がよろしいと思います。