今さらですが、スペイン入国

>EU条約国は、最初の入国の時に入国審査があり、スペインでは
なさそうなんですね。

シェンゲン条約加盟国、ですね。
(アイルランドと英国はEUだけどシェンゲンには入ってないのです)
http://www.interq.or.jp/tokyo/ystation/euro.html

ところで、これも伝聞でしかも古い話なのですが、
manzana32さんが何ビザを取得されたのか分かりませんが、留学生の場合は現地でタルヘタの申請をしますよね(やったことないんですが、何年も前に一度調べたことがありまして)。

そのときに入国スタンプがないと申請に不便することがあるようです。
(シェンゲン協定加盟国で乗り継いでスペイン入りするときはスペインでは入国審査がないので、経由地の空港での入国審査の際にスタンプを押してもらう)

ちょっと情報を探してみました。
2004年の情報なので最新ではありませんが、
2. 現地スペインでの滞在許可申請 Tarjeta de Estudiante
に書いてあります。
http://akico.gozaru.jp/stvisa.html

学生資格でいらっしゃるのでなければ関係ないかもしれませんし、現在どうなっているかは分かりませんが、念のため書いてみました。