skyscannerを参考にしています

東京からのヨーロッパ直行便は、LHR,CDG,FRA,AMS,CPH,WIE,HEL,ZRH,MXP,FCO,IST・・・程度しかありませんので、その他の都市訪問は必ず乗り継ぎになります。
その為、結果的に下記のいずれかになります。

①東京からLHR,CDG,FRA,AMS,CPH,WIE,HEL,ZRH,MXP,FCO,ISTに行ってから、乗り継いで目的都市に向かう。

AFやLHの様に欧州路線が豊富な航空会社でしたら、CDGやFRAで乗継の自社便で大半の目的地に到達可能です。
が、シーズン価格になると相当高い場合が多いです。
JLやNHもアライアンス又は提携会社のコードシェア便で、LHR,FRA,CDG,HELから乗り継ぐ形です。
が、やはりシーズン価格はかなり高いです。

②東京から、中継空港(ICN,PEK,PVG,HKG,SIN,BKK,KUL,DXB,DOH,AUH,SVO・・・）を経由し、目的地に向かう。

中東系、アジア系、周辺欧州系の場合は上記スタイルですが、難点は大回りで移動時間が大変かかり、トランジット等でトラブルの可能性があることです。

◎いずれにしても、DeNAトラベル、ヤジキタ、JTBトルノスetc・・・に入力すれば検索出来ます。
ただ、①＝シーズン価格が高い、②＝移動時間が長すぎ、様々なトラブルに遭遇する可能性があるということです。


◎さて、欧州の場合はLCCが非常に発達しています。私は度々欧州域内をLCCを活用して移動しています。
例えば、SKYSCANNERを使えば、主な便の状況が把握可能です（尚、全部は出てきません）。
私は何度も、日本発は主としてJLの特典航空券で移動し、欧州域内はLCCに乗り継いで目的都市に向かいました。

LCCの魅力は価格です。通常は1万円程度で１地点移動可能な場合が多く、個人的にはユーレイルパスは選択肢の下位です。LCCも空港が異なる場合があるなどの欠点がありますが、主要空港からの便も結構あります。
スペインの場合などは、イベリア航空とヴエリング航空がコードシェアで飛ばしている場合もあり、異なるのは価格と販売方法という感じでした。

最後に、クロアチアは今年私も訪問する予定ですが、格安のカタール航空です（笑い）。クロアチア国内はクロアチア航空もりようしますが・・・。