問題はないかと思います。

まず時間に関してですが、ヨーロッパバスはどちらのコース（南行・北行）ともローテンブルクで45～55分時間を取っていますので、途中で遅れたとしてもそこで取り戻せるはずです。
ですので、南行のデュンケルスビュール着が大幅に遅れるということはないと思います。
途中で遅れた場合は恐らくローテンブルクでの滞在時間が短縮されるでしょうが、考えておられるルートだと往路と復路の２回寄ることになりますので、ある程度の観光の時間はとれると思います。
予約については何ともいえませんが、前払いでないのなら予約しておけばよいと思います。
私が12年前に乗った際は、電話で予約して当日運賃を払いましたが、サイト予約だとそういうわけにはいかないのでしたら、微妙なところですね。
もし日程が確定しているのなら予約しておいた方がよいのではないでしょうか。