ローテンブルク、フュッセン、ハイデルベルク泊をお勧め

疑問が解消しました。
初日の到着が早く、５月中旬なら日も２１時ころまで明るいので、フランクでなく、列車でローテンブルクまで行って泊まることをお勧めします。遅くとも２０時台には着くかと。

フランクからヨーロッパバスに乗るとローテンブルクで４５分ほどしか観光できません。この時間は毎年変わるので今年は何分かわかりませんが、大差はないでしょう。
前の晩にローテンブルクまで入っておくと、翌日の午前中いっぱい観光できます。
長いフライトで、そのごまた合計２時間くらい列車に乗るので、きつい方は、翌朝早く起きて６時台の列車で発てば、９時ころにはローテンブルクに着きます。
前日ローテンブルクに泊まって、朝食後観光を始めるのは９時くらいでしょうから、早朝フランク発でも同じといえるかも知れません。
ただ、フランクよりローテンブルクに泊まったほうが情緒があり、雰囲気ははるかにいいです。
やはり目的の地に泊まるのが何よりですから。

フランクに夜着なら、早朝起きてがベターですが、１６時台着と早いので、がんばってローテンブルクまで行ってしまうほうがいいような気がします。

どちらのケースもヴュルツブルクまでICEで１時間強、トロイヒトリンゲン行きRB(普通列車)に乗換え４０分のシュタイナハで下車。ローテンブルク行きRBが待っています。それで１４分です。
乗車は計２時間ほどですが、ヴュルツブルクでの連絡がよくないので２時間半以上かかります。

ヨーロッパバスは終点のフュッセンまで行き、そこで泊がいいかと。南下のヨーロッパバスも最近はヴィース教会に寄るようです(よく変わるので要チェック)。

そうすれば、翌日はノイ城観光だけですから、午前中には終わり、その日の夕方以降にハイデルベルクに着けます。遅くとも夜までには)。そうすればハイデルベルクにも泊まれ、宿泊地はベストの選択となるでしょう。
翌日昼過ぎまでゆっくり観光でき、ランチをハイデルベルクでとってもフライトに十分間に合うでしょう。

ドイツは治安がいいので、夜の列車も日本と同じと考えていいでしょう。
大きな駅、ハイデルベルクのように有名観光地の駅には荷物の一時預かりやロッカーがあります。

ネルトリンゲンのダニエルは１５分で登った人をバスの車窓から目撃しましたが、ドライバーにことわって登り、少しオーバーしましたが、休憩時間はドライバーの裁量ですので、５分くらいは大目に見るのでしょう。
まあ、年に数人くらいでしょうから、ドライバーも笑って見逃すのでしょう。
個人的には３０分は見るほうがいいと思います。

トランクでの乗車は車内では問題はないですが、階段しかない駅、宿も多く、ホームと列車の床の段差もかなりあるケースも多く、その上げ下ろしなどが大変かも知れません。