国際通信コードの音声部分

だそうです。
音声での無線通信の際の聞き漏らし、聞き間違いを防止するために出来たことは確かですが、「なぜAをアップルではなくアルファにしたのか？」などのいわれはわかりません。
雑音の中での聞き取りやすさとかを考慮して選んだのだと思います。
そういえば、アマチュア無線でもコールサインを言う際にこれを使っていますね。「じゅりえっと　あるふぁ　わん　やんきー・・・」って感じで。