それほど心配する必要はないかと思います。

コードシェア便の場合、座席のリクエスト等もすべてマーケッティングキャリアである大韓航空に行うこととなるはずので、オペレーティングキャリアであるＫＬＭに直接リクエストしても受け付けてくれないはずです。
また、スキポール空港のチェックインも、基本的に大韓航空のカウンター（実際はＫＬＭのスタッフがやっているはず）で行うことになります。
大韓航空ではリスエストできませんでしたか？
席の指定はできないとしても、窓側・通路側のリクエストくらいはできるのではないかと思います。
リクエストが可能なら、一緒に予約したグループは並びの席で確保してくれるはずです。
まずは大韓航空に電話してよく訊いてみてください。