後者の旅程にすべきです。

こんにちわ。私も実は７月にザルツブルクに行く予定をしています（14～17日の３泊）。それでいろいろと調べましたが（ハルシュタットへは10年前にも行っています）、シャーフベルク山の登山列車は登ったらすぐに帰り（下り）の整理券をもらう仕組みのようです。混んでいるとかなり帰りが遅くなってしまうこともあるようですので（音楽祭の時期ならなおさらでしょう）、夕方コンサートに行く当日というのは大変リスクが大きいと思います。
ですので、絶対的に後者の旅程にすべきだと思います。
行程その他はまーもっとさんが書いておられるとおりです。ザルツブルクへ戻る時は、往きと同じルート（バートイシュルからバス）でもよいですが、列車で終点のアトナンプーフハイムまで行ってウィーン方面からの幹線に乗り換える方法もあります。所要時間はどちらもほぼ同じです。