男女別は相部屋の場合です。

こんにちわ。
ドイツ鉄道の紹介記事にどのように書いてあったのかわかりませんが、基本的に、ヨーロッパの寝台車は、定員よりも少ない人数で予約する場合（４人部屋を２人で予約など）は男女別相部屋となり、カップルでも別々の部屋になりますが、定員で、すなわち２人部屋を２人で予約すれば、男女別に分けられるということはないはずです。
私はドイツでは寝台を利用したことはないものの、これまでにイタリア、スペイン、ノルウェーで寝台車を妻と２人で利用したことがありますが、すべて２人１部屋で予約できました。
寝台車がついている列車には国際列車も多いので、ドイツだけ違うということはないと思います。
心配する必要はないかと思います。