問題無し

例えば、日本から東マレイシアにKLを経由して旅行するとします。

1.　KLでは、KLに滞在しないで、そのままサラワクに行くとしても入国手続きをする。
2.　直ぐ出国手続き。
3.　東マレイシアに到着後、通常通りの入国手続き。

反対に、コタキナバルからKLを経由して日本に帰る時は、

1.　KKで出国手続き。
2.　KLで入国と出国手続き。
3.　日本に帰着。

東マレイシアと半島マレイシアとの間はパスポート無しには移動できません。
他の国と同じ扱いになっています。
普通であれば、他の国にトランジットで移動するときは、一々、KLで入国・出国の手続きは必要ないのですが東マレイシアの場合のみはKLでの入国・出国を1度しなければいけないのです。
植民地の扱いみたいですね。

>>パスポートにスタンプをもらわずに帰国したらどうなったのかな?

問題無しです。マレイシアにも行けますよ。