航空会社とチケットの種類によると思います

他の方も書かれているようですが、自分が昨年ドブロブニクに行った時、
ウィーン発ザグレブ着はオーストリア航空、45分乗り換えでザグレブ発はクロアチア航空でした。
発券の際に心配になって、航空会社の方にも確認して大丈夫とのことでした。
航空会社が違う、シェンゲン協定対象外だからザグレブでクロアチア入国手続きがあるし
荷物のこともどうなるか不安でした。
結果としてはザグレブ空港が比較的小さい空港だったということ、
オーストリア航空の飛行機がボンバル機で沢山の乗客がいなかったこと、
オーストリア航空とクロアチア航空はスターアライアンスで、コードシェア便でもあったことから
45分でも十分間に合いました。
どのような種類のチケットかはわかりませんが、通しなら大丈夫じゃないでしょうか？
予約の際に航空会社に尋ねてみても、日本支社があるところなら答えてくれるかと思います。