チェックインは夕方まででは？

　街中やリゾート地のホテルと違って、この辺りのホテルは24時間チェックイン対応ではないと思います。
　まずはバスの乗車券のネット販売を気にするより宿泊予定のホテルに深夜のチェックインが可能かどうか確認するのが先のように思います。
　なお、公園のエントランス１の側のホテルはバス停からはかなり歩いたと思います。エントランス２側にある2軒のホテル（ベルビューとプリトヴィツェだったかな？）はバス停から近かったです。