はい、国境で乗り換えですが、すぐに出ます。

そういうことです。ウイーンからの国際列車はチェコ側の国境の駅までで、そこで乗り換えです。
特急ならプラハ行きのように直通があるのですが、普通列車ゆえ、たいていは国境までなのです。

やはり何といっても欧州はどこも列車の旅が雰囲気もあり、いかにも旅してる気になれます。
列車がない所のみバス利用がいいように思います。