スカンジナビア航空がいいです。

まず、全体は、
日本→コペンハーゲン→バルセロナ→南仏→スイス→ザルツブルク→ロマンティック街道→プラハ→クラクフ→コペンハーゲン→日本

というルートにします。なお、成田発という仮定です。
実はこの出発空港というのは、日本の国内移動が高いことを考えると、安く上げるにはとても重要なことなのですが、これを書かない人がとても多いですね。関空とかだとまた話は変わりますよ。

航空券は、スカンジナビア航空にします。
成田→コペンハーゲン→バルセロナ、ワルシャワ→コペンハーゲン→成田という航空券を買います。

まず行きはバルセロナからスタートします。冬のヨーロッパは寒くて夜が長いので、まずは南欧からスタートしたほうがいいです。少しはマシです。

バルセロナ→南仏→スイス→ザルツブルク→ロマンティック街道→プラハと鉄道で移動します。ここはユーレイルパスでいいでしょう。
プラハ→クラクフ→ワルシャワも鉄道で移動します。ここは個別に切符を買えばいいです。東欧はレイルパスは損なので不要です。
ワルシャワからコペンハーゲンまでは日本からの航空券に付いてますのでこれを使う。コペンハーゲンに着いたらストックホルムまで列車で往復してもいいと思います。
これで北欧も見れますね。
本当は寒い北欧はこの時期は行かないほうがいいと思いますが、ギリシャは遠すぎるのでやめたほうがいいです。
ギリシャも3月だと暖かいわけではないので(時には雪も降る時期です)。

あと、ロマンティック街道の移動はレンタカーがベストですよ。

以上が、あなたの希望を一番安く済ませるベストな方法です。