一週間だと

一週間というのは現地で一週間ですよね?
それならイスタンブール→サフランボル→アンカラ→カッパドキア→パムッカレと廻られるのがいいかと思います。
飛行機では結べないので移動はバスです。ローマ遺跡も見たければ、上記のどこかをはずさないといけませんが、僕の意見としては、ローマ遺跡は地中海沿いはどこにでもあるので、どうでもいいかなと思います。
それよりも日本ではあまりメジャーではないですが、サフランボルは絶対行くべきです。ここはとてもトルコらしい古い街なので。

国内線を使うのはパムッカレの近くにあるデニズリからイスタンブールに飛ぶときだけでいいと思います。

ですので、国際線は日本とイスタンブールの単純往復か、トルコ航空を使うならデニズリ→イスタンブールの国内線もおまけで付いてくるでしょう。

なお、日本からの往復も含めて一週間だと、イスタンブールとカッパドキアくらいにしたほうがいいです。往復で3日は潰れるので、あまりにも時間が足りません。