Re:欲張って・・・ ミラノ→ベネチア→フィレンツェ→ローマ

ちょっと忙しいですがフィレンチェ2泊、ローマ2泊で
ベネチアを組み入れるのも宜しいのでは?

>2.どの都市も見どころがまとまっている様ですが、歩いて回るにはちょっと厳しいような気もします。

歩いて回ることはないですよ。
1日乗り放題のチケット(安い)を買って地下鉄とバスを活用すれば
目的の観光ポイントまで簡単に移動できます。
レンタカーは無駄!
ただし、ベネチアだけはシーバス(船)です。

>1.鉄道は日本での予約していったほうがよさそうですが・・・
それぞれの乗車区間が短いので現地でお買いになったら如何でしょうか。
もし不安なら到着した日に次の移動先までの乗車券を買っておけば
道中計画通り移動できるでしょう。