質問趣旨は十分に分ります。（というつもりです）

当日の利用便がドタキャンになる場合は可能性として有りますね。
100分あって余裕だぜい！と思って空港行って発券時に
1時間早くなるから残り40分ね、とか言われたら　そりゃもう
焦りますとも。「そんなこと言われたって荷物検査とか
行列してギリギリじゃないのよ、どうすればいいの!キ～っ！！」
（by　ベルクカッツェ＠おはよう忍者隊ガッチャマン風）
　念のため書きますとこの表現は質問者さんの事ではありません。
　あくまでも単に心情風景の例えです。

カウンタで質問者さんが想定した様に関所の行列で
間に合わなくなる可能性が考えられるなら　対処は
どうすれば良いのかと発券時の係員に一言、相談してみるのも
方法では。（紳士淑女の口調でも実は要求的に）

そして行列近辺の地上係員を捕まえてもう一度相談する。
そうするかなあ、自分だったら。

ハブ空港でなかったというのも話として分りました。
逆にそういう場所なら航空会社と客の入り乱れからして
乗れたかどうか。。。

それから今後の消極策として搭乗前二時間には空港に着いている。
（自分の場合この程度なら旅記録を書きとめてる間に
　それほどの退屈もしないから）

では今後も良い旅となりますように