心配なのはわかりすが…

通しでチケットが発券されているということは、他のみなさんが言われているように、乗り継ぎ可能な時間だということです。
心配なのはわかりすが、それを疑っていては始まりませんよ。
もし、不安ならもう一本遅い便にすることもできたでしょうから。
他の質問でも、ヨーロッパ内での乗り継ぎ時間について、トピ主様と同じように1時間で乗り継げますか？とたくさんありますが、みなさん同じ回答されています。

プラハの空港は私も何度か利用してます。直近では昨年使いましたが、広い空港ではないので十分ですよ。とても広いフランクフルトでも間に合いますから。
入国審査も心配されているほど混んでないので、さほど時間がかかりませんし。

これだけみなさんが大丈夫！と回答してもまだ不安でしたら、まず、羽田でソウル→プラハの座席を出口近くにしてもらえないかを交渉する。もちろん、乗り継ぎまでの時間が心配だということを告げて。で、ダメならば、再度ソウルで、その交渉をする。それでもダメなら
飛行機の中で乗務員に交渉する。
ダメなら仕方ないですが。航空会社に、よっても対応が違うのでなんとも言えませんが空席があれば多少配慮がある場合があります。
私は、アメリカで経験あります。結果的に私は焦ってましたが、時間は余裕がありました。

ヨーロッパでの乗り継ぎ時間はほぼ、1時間前後です。
空港に長くいたいな別ですが、効率的でよいと思った方がいいですよ。日本の国内線の乗り継ぎと考えれば楽ではないですか？
基本的に乗り継ぎ不可能な発券はしませんし、乗れなかったら別便の振替があるので大丈夫ですよ。

最後に、ロストバゲージですが、これも直行便ではない限り仕方ないです。嫌なら荷物減らして持ち込むしかないです。
で、どうしても、どうしても気になる場合は、搭乗ゲートで1番最後に乗るようにして、係員に自分の荷物は今どこにいるか？と聞けば、データで調べてくれます。乗り込んだか、乗り込んでないけどこの空港内にある。とか回答してくれます。
後は運を天に任せて搭乗するしかないです！

あまり心配されても、楽しくないので「なんとかなるさ」の気持で。旅とはそういうものだと思います。
楽しい旅をしてきて下さい。