TAX等の計算方法に関する疑問について

TAX等については、旅行代理店に聞いてみると
アマデウスとかアポロとかのコンピューターリザーベーションシステム
CRSが勝手に計算するのでこの通りです。という話をよく聞きます。
しかしながら、金額が等しくないような感じがします。

他方、各代理店で独自の両替レート(固定?)を持ってて
それを利用してる言う話も聞いたことがあります。

また、前述のCRSに会社・店独自のレートを設定できるのであれば、CRSのはじき出した金額も眉唾ものです。

私は、このあたりが良くわかりません。