Re: 同じ航空会社にご搭乗の場合は

翼の玄人さま、こんにちは。

>実際にご搭乗いただいたご搭乗便ご搭乗日ご搭乗区間にてマイル加算が行なわれるはずでございます。

ということは、航空会社が最初に言った経路にしていたら、少ないマイル加算だったわけですね。
その場合は当然文句を言いますが(笑)。

>ご利用いただいた航空会社のマイレージプログラムの上級会員でいらした場合

はい確かに、当時は上級会員に(頼みもしないのに勝手にされて)なっていました(今は違いますが・笑)。
ですからエコノミーのチケットでも、チェックインはビジネス・クラスのカウンターが利用できました。