費用よりも便利さ

ご質問はインディアナポリスで借りて、シカゴに行って戻ってくるということでしょうか。

シカゴで乗り捨ての場合と飛行機片道を比べたら、レンタカー料金にガソリン代入れると、もっとするかもしれませんね。
しかし、空港へ行く手間、時間と費用、シカゴの空港からも同様に考えると、レンタカーの自由度の高さは魅力です。

郊外でないと、宿泊中の駐車場は有料になりますから、これも宿をどこにするかに依存しますね。
ですから、シカゴ往復(で郊外宿泊)であれば、レンタカーが有利。
都心宿泊でも、乗り捨てであれば、レンタカーで行って、着いて返却。
運転は、できるだけしたくない、シカゴは都心あるいは公共輸送(CTA)、タクシー等での移動だけであれば、飛行機で行くのもありですね。

ですので、往復なのか、宿泊はどのあたり、どういう行動を予定しているか、などを補足していただくと、みなさんアドバイスしやすいと思いますよ。