メインは、カッパドキアとイスタンブール観光なのでしょうか。

Ａ・Ｂともに、カイセリに宿泊しなければならない理由が何かありますかぁ？

私も同じ頃にトルコ個人旅行を考えているので少しだけ調べました。
カイセリ（ASR）便が一番多いのはトルコ航空です。
なお、ネヴジェヒル（NAV）は、2便しかないです。

2013年4月で空港からカッパドキア（ホテル）までのシャトルバスについて以下の問い合わせをしました。

Ｑ：「2013年4月、TK2018 22:05着の場合、この時間でシャトルバスの運行はありますか？」
Ａ：費用は一人、20TL。あるとのことです。

私は、日本から行く場合、この便でカイセリ入りで、遅くともその日のうちにカッパドキアへ移動しようと思っています。

Ａにしろ、Ｂにしろカイセリに宿泊しないで、その日のうちにカッパドキアに入った方が翌日をフルに「カッパドキア観光」できると思うのですが・・・

そうすれば、イスタンブール（IST）へ移動する場合は、明るいうちにイスタンブールに入れるのではないでしょうか。
もっと早く移動すれば、昼過ぎからイスタンブール観光に当てられるのではないでしょうか。

この頃の日没は20時ころだと思います。
慣れている場所ならともかく、空港からの移動で1時間くらいかかってホテルだと思います。
私は、明るいうちにホテルを探し当てた方がいいと、どこの国でも思っているので、そのようなスケジュールにしています。

私はIstanbul Atatürk空港からメトロとトラムでホテルを目指すつもりなので、トランクを持って何度も行ったり来たりは、できるだけ避けたいと思っています。