私の場合は以下の様でした。

tougouさま およびレスした皆様

他の皆さまのレスをみると、私が購入したものとは少し条件が異なるチケットのようですので
詳細を記載いたします。違うチケットでしたら失礼いたしました。

まず航空券は日本発ではなくダブリン（アイルランド）～フランクフルトの往復（LH発券）。
私のRail & flyチケットは航空券購入時に片道29ユーロ（往復58ユーロ）で購入。

フランクフルト→アウグスブルグまでのICE（座席予約はできないので予約されてない席に着席）にて
検札が来たときにRail & fly予約券、後で印刷した乗車券、航空券、購入に使ったクレジットカードを提示。
乗務員はクレジットカードを機械に読み込ませ乗車券に打刻して返却してくれました。

その後アウグスブルグ→フュッセンのREでも検札があり先ほどと同じ書類を提出。
ここではクレジットカードは番号を確認するだけでした。翌日フュッセンからミュンヘンに向かった際の検札も同様。

余談ですが、このRail & flyチケットはDB運行のバスでも有効らしく、
フュッセンからホーエンシュバウガウに向かうDBのバスの運転手に見せたら乗せてくれました。