現地についてからの手配では少し危険。事前手配をおこなえば何の問題もなく可能。

日程から察するにエジプト航空の成田ーカイロ直行便の利用ですよね？
ご希望の場所を無理なく回るには、滞在時間をすべて観光に費やし、事前にすべての手配をすませておくのが良いと思います。予算はそれなりに必要となりますが、短い期間で行きたいところをくまなく回れるなら多少の費用UPには目をつぶってほしいものです。

僕が提案する日程は
日曜　MS965 早朝4時頃カイロ着。
そのまま国内線乗り継ぎアスワンへ。MS391 カイロ700→アスワン825
　　　アスワン11：00発のコンボイ（専用車又は混載車）でアブシンベル1日観光
　　　（アスワン停泊中のクルーズ船又はホテル泊）
　　　
月曜　＊前日にクルーズ船に乗船できない場合はこの日に乗船
　　　アスワン観光　（アスワン停泊中のクルーズ船泊）

火曜　クルーズ船　アスワン出港　
　　　途中コムオンボやエドフを観光しながらクルージング
　　　夜、ルクソール着
　　　（ルクソール停泊中のクルーズ船泊）

水曜　ルクソール西岸・東岸観光
　　　（ルクソール停泊中のクルーズ船泊）

木曜　クルーズ船を下船。
　　　午前、ルクソールから空路カイロへ。
　　　カイロやギザのピラミッドなどの観光
　　　（カイロ泊）

金曜　前日に引き続きカイロなどの観光
　　　夜23：00頃　MS964便で帰国

ナイル川クルーズは個人的にエジプト旅行で必須のものだと思います。
クルーズ中に移り変わるナイル河畔の景色は1日中みても決して飽きることはありません。
これをするのとしないのではエジプト旅行に対する印象がガラリと変わることは間違いないでしょう。
また、ホテルを各地で転々と変えずにストレスなく列車やバスのスケジュールを気にせず快適に移動できるのも魅力です。値段はクルーズ船ランクによってピンキリですが、おおむねホテルと同等の設備（部屋付シャワー、トイレやフロント、バー、レストラン）が期待できます。


　上記のような手配を予め出発前に日本で済ませておけばなんら問題なくご希望の場所をスムーズに回れます。
日曜月曜～水曜までのクルーズ船はアスワンやルクソールでの専用車（又は混載車）＋ガイドを用いた観光もセットになって「現地発着型パック」で手配できるところが多いです。仮に専用車を用いたプライベートガイドをつけたとしてもエジプトの人件費が安いため、思ったより高くつかないことにきっと驚かれることでしょう。

　日本国内のエジプト専門旅行社で手配力があるのは（航空券は別で現地手配のみも可能）
ミスルトラベルやエジプトツアーズ（現地提携旅行社はカルナック＜エジプト航空直営旅行社＞）あたりです。ミスルトラベルの方が多分割高です。ホームページに乗っている商品情報がすべてではないので、直接メールで自分の希望日程や見積もりを問い合わせてはいかがでしょうか？

　要望は細かく出すことが肝心。アブシンベル観光は費用を安く上げるため専用車でなくて混載車がいいだとか、クルーズ船手配ではガイドをつけるのが標準だけれでも費用を少しでも安く上げるためガイドをつけずに車と船の宿泊手配だけにしたいだとか