申請センターより回答をもらいました。

観光ビザに２ヶ月ルールはなくなったので、
６か月の期間内は何度でも入国が可能だそうです。
なので追加料金の１４００円はお返しします、とのことでした。
ほっと一安心できました。
分からないことは素直に聞いてみるのが一番ですね。
勉強になりました。ありがとうございました。