システムがダウンしている状態だと思う

http://showcase.cleartrip.com/railregistration/

あなたが既にIRCTCからmobile OTPを取得して
cleartripのアカウントをアクティベイト済み
（つまりいつでもチケット購入可能な状態にある）
であるという前提で、回答すると・・・・

＞希望の電車を選択すると「Could not get current availability」という表示が出ます。

これは結構良くある。
cleartripとIRCTCのオンライン（連携）システムがダウンしている状態だと思う。
数時間で復旧する場合もあれば数日も。かつては数ヶ月ということもあった。
あるいは、個人的な体験を踏まえたいい加減な推測としてIRCTCの営業時間外
（すなわちインド時間の夜間）が特にこの状態が多かったような気がする。

よって、数時間おきに時間をおいてトライしてみてほしい。