マラッカ、ペナン島、カメロンハイランドをお薦め

世界遺産のマラッカが西マレーシア(マレー半島)一番の見どころです。バスで２時間です。ココと対で世界遺産をなすのがペナン島のジョージタウンで、この２ヶ所は必訪かと。
マレーシア随一のみどころは東マレーシア(カリマンタン=ボルネオ島)の世界遺産キナバル山(東南アジア最高峰)ですが、最初から航空券を日本、キナバル、KL、日本としないと無理かと。

ビーチリゾートならランカウイ島かティオマン島でしょうが、ビーチリゾートは他の東南アジアでも楽しめます。
他の国にないのは沢山の高原リゾートで、KLからすぐのゲンティンハイランド、紅茶畑に英国風洋館が並ぶカメロン(キャメロン)ハイランド、フレーザーズヒルなどが素晴らしいです。

よって、コロニアル建築が魅力の街、ビーチリゾート、高原リゾート、さらにはタマンネガラ国立公園の熱帯ジャングルなどと多彩なマレーシアを楽しむがいいかと。
KLは１日くらいでぐるっとマレーシアを一周するのがいいと思います。