ありがとうございます！

メッセージありがとうございました。

おそらく手荷物受取→入国手続きで 一度中国入国されて 改めてAFにチェックイン→手荷物預け入れ→出国手続きになりそうですね

→違う航空会社だとこのような事がおこるのは共同運航といえど基本的なルールなんでしょうか？

私の頭にそんな事まったくなかったので。
共同運航だろうとチケットのフライトNoがMUのものだったのでふつうにスルーで最終目的地まで行ってくれるものだと思ってました、、、