回答と提案

＞搭乗券が日本で発券されていなければ，セキュリティゾーン内のAFカウンタで発券してもらえばいいです。
→どういう意味になりますでしょうか。
これは航空会社から直接買った場合でもありえます。乗継便が提携航空会社の場合です。このためセキュリティゾーン内には必ず乗継カウンタがあります。

一つ提案ですが，搭乗する各航空会社に電話して，あなたの名前と便名で登録があるかどうか，確認してはいかがですか。名前があれば安心です。

ネットで検索したところ，エクスペディアで買った場合，航空券番号はあとで来る，などという記載もありました。

こういう経験はないので，私にはこれ以上のことは分りません。解決を祈る！