小三通という単語で検索されるといいかと。

基本的な情報は、下記のサイトで。
http://beibaoke.info/xiaosantong/xiaosantong_001.php

私は、二往復利用したことがあります。途中金門島等を観光するので、個人的に厦門ー金門（フェリー）、金門ー台湾本島（飛行機）のチケットを手配しました。
フェリーに関しては、当日港のカウンターにて。飛行機は、当日カウンター、HPでネット購入、JCBラウンジに予約依頼、等を利用しました。
フェリーは、おおよそ１７０元または７５０台湾ドルぐらい。飛行機は、２０００台湾ドル弱といったところでしょうか。
飛行機は、台湾の航空会社数社が運行しているのでそれそれの価格を比較するのも手です。
また、金門島で観光しないで直接台湾に移動するなら、航空券＋フェリーのパックチケットを購入するのも手です。金門島の港と飛行場を送迎してくれますので時間的ロスがない。
最後に、イミグレーションですが、基本的に好意的です。パスポートと入出国カード以外の提示物を要求されたことはありません。
同じフェリーで明らかに台湾人、中国人以外と一緒になることは滅多にないですw