個別に買う

ほうが安いはずです。

通しなら軽く100ユーロを超えますが（多分、124ユーロ）、
分けて、しかもDBでSparangeboteを買えば、
Berlin-Praha ECが29ユーロ、Praha-wienはCD(www.cd.cz)で493 Kč。

その先も、同じように分けて割引きで買ったほうがお得です。

Wien-SaltzburgはOEBBのSparSchiene Österreichでab 24,00 EUR、
WESTBAHN (westbahn.at)で€25,00、
Saltzburg Hbf-München HbfがSparangeboteで19-22ユーロ。

Wien Westbahnhof-München Hbfが85,80 EURです。

自由気ままに行きたいのなら、通しで（買えるとは思いますが、
細かい規則は知りません）買っても良いのでしょう。

欧州鉄道は、余程のことがない限り、事前購入するほうが断然お得です。
これも時代の流れでしょう。