そのタイ航空の回答は

ちょっとどうかとは思いますが、航空会社にすると
できれば入国しないでほしいのだと思います。
何かのアクシデントで空港に戻るのが遅れた場合、
預け荷物だけがそのままドバイに行ったりとか、
現れない乗客の荷物だけを出発直前におろしたり
とか、そういうことはできるだけ避けたいでしょう
から。(乗り遅れるなら荷物と一緒に乗り遅れて
ほしい)

でも、入国手続きと搭乗手続きはなにも連動して
るわけでもないし、入国管理側と航空会社は別々
なので、勝手に入国できてしまいます。(乗り継ぎ
時間が短いために入国審査ではじかれるとかは
別にして)

ついでに、日本での搭乗手続きはバンコクまで、
預け荷物はドバイまでというパターンも当然可能です。
ドバイまで通しのチケットでなくても。

僕は飛行機内で熟睡できないので、朝着いたらまず
ホテルへ行き眠ります。