プラハからベルリンは、いまは、5時間程度ですし、普通に列車に乗ればいいでしょう。

僕は、昔、逆方向のベルリンからプラハへ、鉄道移動したことがあります。
http://homepage3.nifty.com/worldtraveller/europe/berlin-prague.htm

>>午後２時ごろに、D375列車はプラハのHOLESOVICE（ホレショヴィツェ）駅に無事到着。
>>東ベルリンを出たのが午前7時38分だから、６時間ちょっとの列車旅だったわけだ。

この時は、東西ドイツが存在していた時でしたから、
西ベルリンから東ベルリンに入るときなど、ドキドキしましたよ。

昔は、鉄道で6時間でも、いまは、もっと早くなっているかも。
というわけで、検索したら、5時間程度ですね。

これならば、夜行列車に乗ると、逆に大変です。
しかも、列車は頻発しています。

予約の必要もありません。
現地で、気の向いたときに、列車に乗ればいいだけです。

この鉄道は、エルベ川沿いを走りますから、景色がいいですよ。
普通に昼間の列車に乗ればいいだけです。

みどりのくつした