ジャーマンレイルパス・オンリーで

それでドイツ中の高速列車ICE、特急IC、ECに予約なしに乗り放題です。
そんな大特典があるのに2重払いの飛行機移動するかたはいません。
空路も移動で半日近くつぶれることを頭に入れて下さい。

ミュンヘン都心～空港、列車なら駅に5分前到着でいいのに、空港だと通常1時間前の到着が無難、実際のフライト、荷物受け取り待ち時間、空港→ベルリン都心を全部足すと、ICEと大差ありません。ICEはパスがあれば乗り放題なので、実質タダです。

タダ6時間の移動に１００％座れるとは限らないので予約も選択肢に。パスを見せ予約で400円ほどです。
ミュンヘンにできるだけ長くいたいならベルリン行き終列車17時16分発？で

22時9分発、8時47分着の夜行でもいいですが。
これなら寝てる間に着くので空路より１００％速いです。

これは必ず予約が必要でパスを見せ、寝台か簡易寝台、リクライニングシート（安い）から選んでください。最後のは予約料と同額くらいかも。