海外旅行は単純でカンタンなんですよ。余計なことを考えるから、難しそうに思えるだけです。

ミュンヘンからベルリンに行くためには、列車に乗ればいいので、全く考えるところはありません。

>>鉄道（ICE？）だと約6時間位掛かるみたいなので、いっそ飛行機の方がよかったりするんでしょうか？

これは、質問者が「鉄道で6時間」を、長いと感じているってことなんでしょうか。
ヨーロッパの列車に乗って、風景を見ながら、6時間はあっという間です。

チューリッヒからミュンヘンへ、列車で4時間半。
http://homepage3.nifty.com/worldtraveller/europe/zurich-munich.htm

>>４時間ちょっとの列車旅というのは、物足りないくらいだね。

ベルリンからプラハへ、列車で6時間。
http://homepage3.nifty.com/worldtraveller/europe/berlin-prague.htm

>>午後２時ごろに、D375列車はプラハのHOLESOVICE（ホレショヴィツェ）駅に無事到着。
>>東ベルリンを出たのが午前7時38分だから、６時間ちょっとの列車旅だったわけだ。

コブレンツからアムステルダムへ、列車で５時間。
http://homepage3.nifty.com/worldtraveller/europe/rhein.htm

>>15時８分の列車は予想通りガラガラで、大阪君とコンパートメントを占領できたよ。
>>大阪君はケルン（１６時１０分着）で降りる。
>>僕は列車からケルンの大聖堂を眺めただけでケルンを通り過ぎ、午後７時にアムステルダムへ到着した。

ヨーロッパ鉄道旅行では、移動が6時間程度というのは、とても楽な時間です。

しかも、ミュンヘンからベルリンへは列車が頻発しています。
席がないなんて事は、ゼッタイに、ありません。

ですから、現地で切符を買って、列車に乗ればいいだけです。
また、ミュンヘンに２泊するようですから、最初の日に駅へ行って、
予約すれば安心でしょう（もちろん当日切符を買ってもかまいません）。

ヨーロッパ鉄道のゆったりしたシートに座って、
本を読んだり、窓からの景色を眺めたりしていれば、６時間なんかあっという間です。

それから、アドバイス。

早割りなんかで予約すると、
その予約に縛られてしまいます。

海外旅行なんて、いくら本を読んでもネットで調べても、現地に行かないと雰囲気はわかりません。
その雰囲気が、わからないのに、日本で予定を立てるほうが間違ってます。
本当は予定を立てないのが、一番賢いんですよ。

ところが、最近は特に、わかりもしないことを綿密に計画する人が多いですね。
わからないことを計画したら、失敗するに決まってるのに（笑）。

僕はもちろん、ベルリンにも、ミュンヘンにも行ったことがありますが、
ベルリンに特別な用事があるならば別ですが、
常識的には、ベルリンはそんなに見るところはないです。

観光をメインに考えるならば、
ミュンヘンにいる時間を長くして、
フュッセンへ行って、ノイシュバンシュタイン城を見たほうがいいでしょう。

ミュンヘンからフュッセンへ２時間。
http://homepage3.nifty.com/worldtraveller/europe/munich-fussen.htm

みどりのくつした