ピサへは海沿いに直行がいいかも

ローマ法王と聖職者の広大なお住まいみたいなものです。皇居も東御苑や北の丸公園などは入れますね。それが一般の方も入れるサンピエトロ聖堂、ヴァチカン美術館、システィーナ礼拝堂と思えばいいかと。
ベネチアはそういうことです。

帰りは駅まで運河沿い（平行に）に歩くとリアルト橋があって、魚市場のところなどに対岸に渡る乗り合いゴンドラがある（橋が余りないので）ということです。観光用の本格ゴンドラとは違います。ゴンドラに乗りたいけど高いので雰囲気だけでもといった感じです。

私はすべて予約しない主義（選べる場合は）ですのでわかりません。
イタリアにはドロミテやアオスタ谷、カプリ、ベスビオ火山、ポンペイ、チンクエテッレ、シチリアのタオルミーナとエトナ山、アルベロベッロなどいい所が沢山（ただし冬は不向きの所も）あるので、グローバルパス利用ならまた伊に来ればいいかと。

余り国を意識しないで欧州という一つの大きな国を旅してる感じでどうぞ。
その欧州の行きたい所を選んだら、伊が沢山あったという感じで。

ベネチアは観光はザットすませて水上バスと歩き三昧が楽しいかと。

なお、ピサへはローマから直接行けます。海沿いの絶景ルートです。フィレンツェからの往復を考えると乗車時間は同じです。