バルト３国ならフィンエアーが無難に思います

　日本からバルト３国（エストニア、ラトビア、リトアニア）への旅行なら、利便性という点ではフィンエアーが一番時間的ロスが無いと思います。経由地まで一度南下してから、また北上するロスがないので。
　往路は日本からヘルシンキ経由でタリン。復路はリガからヘルシンキ経由で日本。またはその逆ですね。どちらがよいかは旅程の好みとヘルシンキでの乗り継ぎ時間で決めればよいと思います。
　ロスが無いという点ではあとはアエロフロートあたりでしょうか。

　タリンに加えてドイツも何処かということですと、例えばベルリンならリガからエア・バルティックの便があったりもしますので、往路か復路をベルリンからヘルシンキ経由で日本という具合にすればよいと思います。