私の高地体験

リマからクスコに飛ぶのが一番高山病の危険があるかと。一気に高地ですから。
私もそのルートでやられましたが、幸い頭痛程度でした。

ラサも成都から空路だったのでやられました。酸素ボンベでホテルの部屋で寝てました。これが一番の重症だったかも。
いずれも富士山山頂より低いですが、それより高いハワイ島、マウナケア山頂は4WDで2時間ほどかけて高地順応しながら？登ったので4200ｍなのに大丈夫でした。

よって、陸路アタカマ経由のほうがベターな気もしますが、陸路でもラサ行き列車、黄龍行きバスは高山病にかかる方もいるので、何ともいえませんが。

一番いいのはリマからバスでナスカ、アレキパ、プーノと高度を上げ、クスコにやや高度を下げるルートかと。プーノの方が高く、私もウンウン言って寝てましたが、これも頭痛程度で大事には至りませんでした。
人により重篤化するので、よく研究して下さい。