1の方がいいかも

あなたが予定されているコース2回に分けて旅したことがあります。
結論から言うと1の方がいいかも。
1のメリット
クスコ、ラパスと周り高所に慣れた時点でウユニーアタカマツアー
に参加できる。
ウユニーアタカマツアーについては、アタカマよりウユニの方が容
易に見つけることができる。
2のメリット
治安の比較的良いサンティアゴから入ることができる。
ウユニからアタカマのツアーだと国境解散となるので、その後が少
し面倒。
それと、イースター島をリマからの往復にしないで、サンティアゴー
イースター島ーリマのルートにすれば、日本からはリマの往復になり、
より安いチケットが見つかるかもしれません。(リマーイースター島
のチケットが安いということでしたら、話は別ですが。)
または、アタカマから北上し、アリカーアレキパーナスカーリマと戻る
か。
それと、イースター島への航空チケットは高いので、ＬＡＮ航空の
ホームページで周遊チケット等、探されてはどうですか。(多分、
南米へはワンワールド系の航空会社で入ることが条件になると思い
ますが。)つまり、イースター島への足を考えてから、日本からのチ
ケットを手配した方がトータルで安くなるかもしれません。