回答を書いておきますね。(NYの情報 2）

ごめんなさい。
記述途中で投稿ボタン押下してしまいました。
続きを書いておきます。

>>若者（ちなみに私は２３歳女です）が夜どこらへんにあつまって遊んでいるのかとか、
→夜、若者が集まったり、バーなどが多いところを以下に書いておきますね。
●ウィリアムスバーグ、ベッドフォード、界隈
マンハッタンからLトレインでブルックリン側に渡ったすぐの所。（最寄駅：ベッドフォードAve駅)
この10年楽前から若者に人気のあるエリアで、レストランやバーなどもそれなりにありますよ。若者も結構多いですし。
また、NYの地ビールである「ブルックリンビール」の醸造所もあり、昼間に見学もできますよ。ご興味があればいかがですか？
http://www.geocities.jp/gogo_kyoro_chan_04/volume_01/070_brooklyn-brewary/index-japanese.html

●West4駅界隈（エリア的には、グリニッジビレッジになります。）
Ｄトレインなどが停まる West 4th駅("W4"と略されて表記されている場合が多い）界隈にも若者が多いです。
近くにＮＹＵ(ニューヨーク大学）があるからかなぁ。
この界隈にもバーやクラブがあります。有名なジャズライブハウスのブルーノートもあります。また、中小の演劇用のシアターなどもあり、人が多く集まっています。

●イーストビレッジ
イーストビレッジの6th st.界隈。(日本のお店が多い St.Marks stから、その南1～2本南の通り界隈）

私が、NYの若者が多いと感じる場所はこれら界隈かなぁと思います。

>>何時から何時がにぎわう時間で、みんな何時頃帰るのかとか
→地下鉄が24Ｈ動いているので、みんなそれなりに遅くまでいるようです。
私も夜中1時や2時、時には3時に店を出る・・・ということはよくありましたし・・・。

>>夜中の地下鉄の治安も気になります。
→NYネイティブの知人が言うには、「ＮＹの地下鉄は20年くらい前に比べたらはるかに安全になった」とのことです。
とはいっても、最低限の注意はおこなってくださいね。特に深夜は。
たとえば、人がいないor少ない車両は避ける・・・とか。
路線にもよりますが、たいていの場合、車掌は列車編成の中央あたりにいます。(日本のように最後尾でないことが多い）
ですから、車掌がいる車両に乗るなどしてくださいね。
ちょっとだけ注意を集中したほうがいいかなと思う路線は、Ａ,Ｃトレインのブルックリン側かなぁ。（あくまでも個人的な主観です。）
amwsさんが泊まろうとしている宿へのＤトレインは、比較的安全な路線だと思っています。(あくまでも私の経験的な主観です。）
深夜2時とかに、爆睡してよく寝過ごしたりしてましたし・・・。

以上ですが、ご参考になれば幸いです。