独とポーランドは全部列車移動がベストかと

独、ポーランドの2国パスを買い、パリとの往復は切符(空路なら航空券)でいいかと。
残念ながら仏、独、ポーランドという3国セレクトパスはありません。
独内ではICEも含めて予約しなくても列車に乗れます。希望すれば予約もできるシステムです。
独～ポーランド、パリ間の列車は要予約です。

つまり独では予約不要なので気にせず自由に旅できます。
最悪座れないことはあっても、列車に乗り遅れなければ目的地までは必ず行けます。ベルリン～ワルシャワはECで5時間35分です。行きは朝の2本が無難です。帰りは夕方まで目いっぱい観光してベルリン着23時過ぎのでも可かと。

ワルシャワ～クラクフ間は東欧唯一の高速列車があり、2時間50分と速いので往復してベルリンで出るのがベストです。ワルシャワは旧市街だけの半日以内でいいかと。最悪カットしても南の3ヶ所周遊でポーランドに来た甲斐は十分あります。
でもベルリンを朝のECなら午後観光できます。また朝クラクフ発でワルシャワ、ベルリン経由でフランクに夜着けます。ただし、ベルリンを2回に分け、行き2泊、帰り1泊のほうが楽です。1日中の列車移動を避けるために。

ベルリンが移動を含め4日もあるので、1泊減らし、3大マーケットの残りの一つシュトゥットガルトに1泊するのもいいかと。