復路のザグレブ観光は問題ないです

　ドブロブニクの空港でウィーンまでの搭乗券も出ると思います。荷物はウィーンまで通し。

　ザグレブについたらそのまま到着ロビーで出て市内へ向かえばＯＫです。
　ザグレブからウィーンへ行く際は出国審査がありますから少し早めに空港へ戻りましょう。
　といっても小さな空港でチャーター便でもない限り大型機は来ませんので、セキュリティーや出国審査がものすごく混んで予想外の時間を要したということにはならないと思います。