特典航空券利用なら

　既にマニラ往復特典航空券を手配済みのようですが、「全く別に安い航空券をとる」ということでなければ、JALのマイレージクラブの連絡先か予約センターに電話してマニラ/セブの航空券について相談してみるとよいです。
　ちなみにマニラ/セブをフィリピン航空とすれば成田のチェックインでその旨申し出れば預け入れ荷物をセブまでスルーに出来ると思います。

　あと、全く別個にとられるのであれば、往路にマニラ観光とし復路はすぐ乗り継いで成田とすれば往路のロストバゲージの心配がなくなります。そういった工夫も有用と思います。