ルフトハンザで問題ないと思います

その前に、
>LH（勝手に訂正、悪しからず）も乗り継ぎにかなりの時間がかかるんですね

LH 2227 CDG 0850 MUC 1020
LH 1718 MUC 1110 DBV 1235

これってかなり便利だし、MUCでの50分接続ができるので、
極めて短い乗り継ぎです。これが”かなり”なんて言い出したら、
そもそも欧州なんかには行けない。
しかも、狭い機内に居る時間も一時間強が2回なので、苦痛も最小限。

フランクフルトとパリだったら、私ならば前者を取りますが、
人気からすれば後者なので、花の都にも行けると考えれば、良い選択だったのでは？
フランクフルトの良さは、空港から市内が近いこと。これが全てでしょう。
後は、食事で悩む必要がないことくらいかな？これは説明が必要でしょうが、
かたやグルメの街（フランス料理はあまり好きではないのですが）で、
毎回何を食べようか悩みます。一方、ドイツのこの周辺なら（南ドイツは
少し違う）、そもそも選ぶこのがないので、悩まなくて済むのです。

しかも、成田から早朝にパリに着きますが、流石に早するので、
むしろ、そのまま移動するほうが楽です。下手に一泊してしまうと、
翌日空路はかなり気が重くなります。陸路ならまだ良いのですが。

LHのサイトで、Mehrere Flughäfen/Gabelflügeを
選べば、
Sa 24 Aug 07:00 Paris, Charles de Gaulle 08:25 München LH224
So 25 Aug 14:55 München 16:20 Dubrovnik LH1718
Mi 28 Aug 14:55 Dubrovnik 16:25 Wien OS732
Do 29 Aug 07:05 Wien 09:15 Paris , Charles de Gaulle OS411
と飛ぶことも可能。多分、MUCとVIEとで24時間以内の滞在にすれば、安くなるはず。

特典航空券がルート変更ができないはずなので、これは忘れ、前向きに考える。

まあ、クロアチアだったら、ドイツかオーストリアという中欧に強いエアラインか
少なくとも、その拠点空港を選ぶべきでしたが、パリからでも行けるので、
良いのではないのでしょうか？

この路線は、夏場はかなり人気で、しかも週末が掛かると直前には満席になる
と思います。