こんばんは

別切りだからダメとかいう回答者が出てこない前に参考程度に。
別切りではないような書き方ですが（エクスペディア等で購入？）。

実際は、no showのペナルティーチャージ（航空会社によるが25から100ドル程度）を要求されることもありますが、同日、または後日の便に振り替えです。
もちろん、変更不可を含めどんなブッキングクラスでも。

私はアメリカで何回も別切り、別アライアンスで乗り継げなくて、同措置でした。
LANはLCCではないので、同様だと思います。
一度、LANで違うケースですが変更不可のチケットで振り替えてもらいました。

応対する係員にもよりますが、この場合は、飛行機の遅延なので、問題ないと思います。
絶対ではないですが。

基本はNG、実体験（現状）はOKです。