乗り継ぐ場合もAかBの免税スタンプカウンタを使用する仕組みではないでしょうか？

Cエリアは

ルフトハンザのドイツ－イスラエル路線（C8-9）および他社国際線用（C1-7, C11-23）

とありますので、ドイツあるいはシェンゲン条約国からの帰国であればCからCへの乗り継ぎは無いですよね。

ということはフランクフルトで乗り継ぐ場合も、そうでない場合も出国審査前にAかBエリア内の免税カウンターで済ませる仕組みではないかと思います。

先週フランクフルトから帰国の際、出国審査前にBエリアの634/644カウンタで免税手続きをしましたが、このカウンタ、チェックインカウンタと同じ並びで（私が経験した）シャルルドゴールやアムステルダム空港のようなガラス越しでもないため、気づかず通り過ぎてしまいました。

>また、免税店もＢエリアの方が充実しているようで、行きたいなと思っています。

セキュリティチェック/出国審査後の免税店でしょうか？
私はB26から帰国しBエリアの免税店を少し冷やかしましたが、店舗は出国審査前の誰でも行ける店舗と大差なかったように思えます。

Bエリアでセキュリティチェックと出国審査した後、Cエリアに移動できれば問題ないのでしょうけど、るるぶやLHの空港内地図を見る限り、BとCは独立しているように見えます。

私もたった一度の入出国で使っただけですので、間違っているかもしれませんが、一度確認されたほうが良いと思います。