そこまで気にする必要はないと思います。

中国国際航空の国際線の客室乗務員が日本人乗客に対し、露骨に好ましくない態度をとることは考えづらいと思いますが、他の乗客との間にトラブルが発生する可能性は十分にありえます。ただし、これは現在反日デモが多いこととはあまり関係がなく、もともとの中国人の気質によるところが大きいと思われます。

今回多発しているデモ（←単なる略奪、暴行、放火ですが）を見てもわかるとおり、基本的に大陸政府は暴力行為に極めて寛容であり、中国人は日常的にすぐ暴力を振るう傾向が強く見られます。少数民族を虐殺したりすることの多い政府であり、理由があれば暴力を行使するのはかまわない、という風潮の中で今の中国人は育ってきています。しかも、戦争を経験した世代は高齢化が進み、発言力も弱くなってきているため、中高年以下の世代では武力や暴力で物事を解決しようとすることがどれだけ好ましくないことか、どれだけ悲惨な結果を招くのか、考えたこともないでしょう。

機内においても、隣席、あるいは近くに日本人がおり、何か気に入らないことがあった場合、そういった環境で育ってきた中国人の一乗客が暴力に訴えでることは十分に考えられます。そして、その時に客室乗務員が被害者の味方をせず、加害者の立場に立つであろうこともまた十二分に予測されます。大陸系の航空会社に乗る機会がそこそこある方であれば、機内での乗客同士（ほとんどは大陸の漢人同士）のトラブルや暴力行為を目撃したことがないという方は少ないのではないかと思います。乗客による客室乗務員への暴言も決して少なくはありません。また、客室乗務員の側でも、正当な主張をしている乗客に対し、怒鳴り、暴言を吐くというケースを実際に体感させられたこともあります。

明らかに大陸系の航空会社の方が機内トラブルが多い、というのは大勢の方が実感されていることではないかと思いますが、甚大な被害が生じるようなトラブルに遭遇する確率は注意をしていればそれほど高くないでしょう。機内で多少嫌な思いをすることがあっても、我慢していれば暴力を振るわれるようなところまではいかないのが大半です。客室乗務員もけっこう柔軟（←いい加減とも言う）なので、嫌な客がいれば、座席を変えてもらうなど必要な対応をとることも可能です。
また、国内や現地の空港などでの搭乗手続き時に、同じ便に乗る非中国人の方にお願いし（←早めに行って親切そうな人を探す）、一緒にそばの座席にしてもらうといったこともその気になればできるでしょう。

大陸の航空会社は以前から低質なので、最近の動向によって質が下がることもなく、ずっと良くないレベルで安定しています。今さらキャンセルすることを考えるほどの状態の変化はありませんので、安心して（？）利用されてはいかがでしょうか。