余裕のない機材繰りの場合、夕方以降の便は遅れやすくなります。

他の方もほぼ同じ内容で投稿されていますが、タイトルのとおりです。

関西空港の場合、成田空港と異なり、遅延しても問題なく着陸ができます。（成田は門限が厳しく、夜はちゃんと飛んで来ないと入れてもらえなくなることが多々あります。）従って、オーバーナイトステイとなるMU729の場合、（大陸の）航空会社にしてみれば別に遅れようが遅れまいが大した問題ではないわけで、飛びさえすれば後はどうでも良いというのが基本スタンスです。一部の利用者が当日中に帰れなくなったとしても、知ったことではありません。利用する側としては、終電の時刻など事前に十分に調べておくだけの話です。それが大陸の航空会社というものです。

それから運航休止の心配をされているようですが、729に関してはまず問題ないと思います。今後、大陸では日本人が中国人から暴行を受け、死亡するような事態が生じることも十分に考えられますが、たとえ観光や商務での日中間の渡航が激減し、東航が運航便数の調整をすることになったとしても、日中時間帯の便を削り、729についてはそのまま運航する可能性が極めて高いでしょう。あまり気にする必要はありません。

大陸政府は反日を煽る方向へ舵を切ったようですので、フライトの心配よりも滞在中の安全確保を十分にお考えになられるようお勧め致します。帰りの便に乗るために無事に空港に辿りつくことが重要でしょう。