僕は１９９９年に中国ビザを個人で取りに行きましたが、そのときも、代理店経由でしたよ。

僕がアジア横断旅行をしたとき、
イラン、パキスタン、中国、シリア、レバノン
のビザを、東京で、大使館へ行って取ろうとしました。

そのとき、中国ビザは旅行代理店を通して取りました。

「中国の観光ビザを申請するには、旅行代理店を通してください」http://homepage3.nifty.com/worldtraveller/across_asia/cvisa.htm

別に、代理店を通しても、通さなくても、
ビザが取れればそれでいいのではないでしょうか？

もともと、香港で中国ビザを取るときも、
代理店を通すものですからね。

僕の感覚としては、代理店のほうが親切でいいなー
としか、思いませんが。

みどりのくつした