私は利用したことはないですが、少し調べた上で想像も含めて書きます。

私は利用したことはないですが、少し調べた上で想像も含めて書きます。
あらかじめご了承ください。


バイエルンの城めぐりチケット
The annual season tickets and 14-days-tickets　of the Bavarian Palace Department
http://www.schloesser.bayern.de/englisch/palace/objects/jahresk.htm


見てみると確かにノイシュヴァンシュタイン城も有効と記載がありますね。
＊ホーエンシュバンガウ城は含まれていないようです。

Following sights can be visited:
Neuschwanstein/
Schwangau
Schloss Neuschwanstein
http://www.schloesser.bayern.de/deutsch/schloss/objekte/jahreskarten.pdf


》予約した方が良いとありますが、インターネットで予約料だけ払い予約をしてチケットはこちらのチケットでも可能でしょうか？

別の日本語サイトで恐縮ですが経験者がいるようです。

Q;バイエルン城巡りチケット利用の際は予約が必要？
http://4travel.jp/overseas/area/europe/germany/munchen/qa/30452/

ノイシュヴァンシュタイン城に予約なしでも入れたそうです。
しかしこれは‘事前’予約なしでも当日並んで時間指定チケットを入手した上で入れたという意味でしょう。
城めぐりチケットだけでは、チケットブースを無視して城に直接行っても入城はできないと思います。
ノイシュヴァンシュタイン城に時間予約なしで自由に入れるという超絶的な特典付きなら、世界中の旅行者が殺到するでしょうね。

また、時間制チケット/時間入城整理券のみをインターネットで申し込めるのかどうかは、バイエルンの城めぐりチケットを持っていることを伝うえ上で問い合わせないと分からないような。

少なくとも、オンライン購入では入城券＝時間入城整理券を、入場料12+予約手数料1.8ユーロでセット購入するものですから。



》ツアーでは入場料は別のようですのでツアーに参加してチケットはこのチケットと言うことは可能なのでしょうか？

バスツアーの滞在時間内に見学できる時間帯の入城整理券を入手できれば、可能かと思います。
ツアーの場合はドイツ人添乗員さんが一緒ですし、相談すれば解決しそうな雰囲気もしないではないです。
＊チケットセンターに掛け合ってくれると私は期待したいですね。